下载的时候发下hisat2 主页中有多个index文件，一时间不解，搜索后发现如下评价。

1.下载三个index：

2.重命名为：

hisat2_grcm38_genome_index/genome [1-sam]

hisat2_grcm38_genome_snp_tran_index/genome_snp_tran [1-sam]

hisat2_mm10_genome_index/genome [1-sam]

3.hisat2比对命令：

hisat2 -p 10 -x …/hisat2_grcm38_genome_index/genome -1 R1.fq -2 R2.fq -S 1.sam

hisat2 -p 10 -x …/hisat2_grcm38_genome_snp_tran_index/genome_snp_tran -1 R1.fq -2 R2.fq -S 2.sam

hisat2 -p 10 -x …/hisat2_mm10_genome_index/genome -1 R1.fq -2 R2.fq -S 3.sam

4.比对率：

结论

三者大部分相同，也有略微不同

gencode和ucsc有chr

ensembl没有chr

相比较而言，gencode和ensembl比较像，但是基本的fasta并不影响。

总结论：

使用哪个基因组的fasta都ok

使用gencode和ensembl的gtf也是一样的

差别在chr这块

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