作者: 吴炜坤
一、Constraint的介绍
1.1 什么是Constraint？
在Rosetta中，限制是对能量函数的附加项。通常限制势会被用于对几何结构打分，或则其它结构的特性(如序列氨基酸比例，净电荷总值等测量值，不能被能量函数评估)。通常我们会根据实验信息来对结构进行有偏估值。
Constraint的工作原理: 根据使用的限制函数不同，生成惩罚项，而这些惩罚项相当于乘以给能量函数乘以一个权重因子，使得如果结构偏移了我们所限制的范围，那么它的能量将比在范围内的结构更高。在实际运算时，需要根据具体的限制参数对打分函数特别的项赋予对应的权重。
1.2 几何限制文件的基本格式
用于描述和限制原子间的几何关系，几何限制参数由限制类型(距离，键角，二面角等)以及限制函数(CIRCULARHARMONIC、HARMONIC等)组成。
几何限制参数的编写是逐行添加的。逻辑关系为’或’。
Constraint_Type1 Constraint_Def1
Constraint_Type2 Constraint_Def2
1.2.1 几何限制类型(Constraint_Type)AtomPair:
AtomPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Type Func_Def
score term: atom_pair_constraint
限制Atom1和Atom2之间的距离。
NamedAtomPair
NamedAtomPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Def
score