计算机模拟虚拟筛选操作流程

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计算机模拟虚拟筛选操作流程:

1、寻找同一靶点的不同小分子活性药物;

2、对得到的小分子药物进行聚类分析;

3、对分类得到的同一类小分子药物进行药效团的创建;

4、对不同类的药效团进行share(可选);

5、对创建的药效团进行验证;

5.1 利用active化合物在DUDe中生成decoys化合物;

5.2 用active化合物和decoys化合物对创建的药效团进行ROC曲线的绘制,ROC曲线越靠近左上角,说明创建的药效团越好,一般大于0.5,可考虑用来进行下一步的大规模虚拟筛选;

6、对虚拟筛选得到的结果再进行对接;

7、分析对接结果与药效团的匹配程度;

8、分析对接结果与原配体的静电场相似性;

9、取一截断值,挑选化合物进行生物活性测试或进一步的优化;

单从打分来看,最高打分的分子有活性只有20%-40%是正确的,还要根据ΔG(gibbs自由能)(ΔG=ΔH-T*ΔS)



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