cromwell–学习札记

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前言:

使用cromwell有一阵子了,但是一直对它不够了解,最近有时间开始整理了解到的一些内容。


版本更新:

目前使用的是版本31,最新的版本是34,当然过一阵子可能就会有更新的版本推出了,还是要持续关注

小猪猪

的~

31.1

Bug fix for $HOME variable in job script, performance improvements for metrics.

32

增加了对在google上运行的一些响应项:

  1. Initial support for Google

    Pipelines API version 2

  2. Workflow options

    google_project

    output in metadata

修复了一些bug;


不仅仅支持/bin/bash,通过设定,也可以支持/bin/sh了


通过在wdl中指定运行时属性,可以为PAPI backend设定gpu Type和gpu Count了

API方面进行了优化,为用户提交的工作流增设了“on hold”状态,

当用户通过一个signal通知这个工作流开始时,才会切入开始的状态

支持对WDL draft 2,及CWL进行inputs校验,尚且不支持对WDL draft3的;


增加了失败时的尝试次数设定这个运行时属性


可以进行语言环境的配置,WDL draft2.0、WDL draft 3.0、CWL 1.0

;

对API中的lables设定也进行了一定的更新;

33

修复了一些bug,关于32引入的’on hold’状态;


加入通过标签排除一些工作流的请求api


加入添加/排除子工作流的请求api


加入通过提交时间查询工作流的请求api

;

为工作流状态查询api增加了提交时间这个属性返回;


对文件本地化提示这个优化进行了更新

33.1

34

支持对Mysql client的8.0的支持;

在Pipelines API V2上增加了私有docker设置,目前没有找到对应的文档;


增加了访问GCS的


requester pays的方式

对查询API进行了修改,返回结果将按照时间的临近程度返回,同时修复了添加子工作流设置的bug;


参考链接:


1.cromwell的jar包下载链接


2.cromwell文档访问链接


3.cromwell的github仓库访问链接



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