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R语言之可视化①①热图绘制heatmap
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R.package
heatmap():用于绘制简单热图的函数
heatmap.2():绘制增强热图的函数
d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包
ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包(非常适用于基因组数据分析)
首先使用ggplot2画简单热图
data
rownames(data)
colnames(data)
library(reshape2)
library(ggplot2)
data$ID
data_m
View(data_m)
data为9行10列的标准正太分布数据。
使用paste对行列名简单命名。
melt函数将data转化为gene-id列，sample-variable列，以及表达值-value列。
p
xlab(“samples”) + theme_classic() + theme(axis.ticks = element_blank(),
axis.line = element_blank()) +
theme(panel.grid.major = element_blank()) +
theme(legend.key=element_blank()) +
theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1)) +
theme(legend.position=”top”) +
geom_tile(aes(fill=value)) +
scale_fill_gradient2(“Expression”,
low = “green”,
high = “red”,
mid = “black”)
p
theme_classic() + #去掉灰快
theme(axis.ticks = element_blank(),
axis.line = element_blank()) + #去掉边框
xlab(‘row name’) +
ylab(‘column name’) #更改行名和列名
scale_x_discrete(labels = 1:10, breaks = 1:10) +
scale_y_discrete(labels = 1:10, breaks = 1:10) #修改行和列
scale_fill_gradient2(‘legend name’,
low = ‘blue’, high = ‘red’, mid = ‘white’) #修改图例名字以及图中颜色