linuxmint 20.3 利用conda安装RDkit、Jupyter notebook、Spyder

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软件简介


安装RDkit


安装Jupyter notebook


安装Spyder


软件简介

简单介绍一下,RDKt 是为了建立ADMET、生物活性等性质的预测模型而开发的化学信息python包,可以用来研究小分子化合物药物,对其结构进行操作、展示,开展分子量、化学描述符等计算

Jupyter notebook和Spyder是两种python语言开发环境,

RDKit中文教程网站

推荐使用Jupyter notebook,因为Jupyter notebook可以集合代码,结果和说明文档于一体,比较直观




:安装语言开发环境一定要在你另外创建的用于工作的python环境下安装,安装到其他环境再切换回工作环境是无法使用的


安装RDkit

由于之前已经安装anaconda,所以这里直接从conda安装RDkit

打开终端,创建环境(名字可以自行更改)

conda create -c conda-forge -n rdkit2203 rdkit
#新建一个名为rdkit2203的rdkit环境

创建成功,输入conda activate rdkit2203 激活rdkit环境

conda env list 查看所有conda环境,带*的为目前所在环境,刚创建的rdkit环境


安装Jupyter notebook

输入命令进行安装

conda install jupyter notebook

在终端输入Jupyter notebook后,会打开网页,说明安装成功


安装Spyder

输入命令进行安装

conda install spyder

在终端输入spyder打开spyder界面,说明安装成功



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