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Folder defaultFolder = store.getDefaultFolder();
Folder[] allFolder = defaultFolder.list();
获取有什么文件夹，然后根据列表中的文件夹名getFolder

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Store store= session.getStore("pop3");
store.connect(host,username, password);
// 这里根据所选文件夹删除
Folder folder = store.getFolder("文件夹路径"); 
//注意这里与读取时的区别
folder.open(Folder.READ_WRITE);
Message message[] = folder.getMessages();
for (Message message : messages) {
    //我这里是删除了所有的文件，可根据需要来编写代码
    message.setFlag(Flags.Flag.DELETED, true);
}
//注意这里与读取的区别，这里是确认删除的操作....
folder.close(true);
store.close();

pom.xml

        <dependency>
            <groupId>javax.mail</groupId>
            <artifactId>javax.mail-api</artifactId>
            <version>1.6.1</version>
        </dependency>

        <dependency>
            <groupId>com.sun.mail</groupId>
            <artifactId>javax.mail</artifactId>
            <version>1.6.1</version>
        </dependency>