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介绍

• 开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题
• 支持语言包括 Python，R，Ruby，Lua，Scala，Java，JavaScript，C / C ++，FORTRAN
• 支持在Windows，macOS和Linux上运行
• Conda可以构建不同的环境，同时可以对环境进行保存，加载和切换操作
• conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中

安装

• 下载 (Linux 64位系统为例)
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh

  清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
  anaconda：https://www.anaconda.com/products/individual
  miniconda：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  miniconda 与 anaconda 的区别：minicoda 是只有conda基础功能的软件，相当于毛坯房。anaconda 除了 minicoda 功能外，加入了大量常用的包，相当于精装房。

• 安装

  bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh

• 配置环境

• 查看是否安装成功,如果安装没问题会显示conda版本号

  conda --version

• 配置镜像

  Linux：vim ~/.condarc

  Windows：文件在 C:\Users\你的用户名\.condarc

  如果没有.condarc文件，可以先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件

  替换原文件内容为：

  channels:
    - defaults
  show_channel_urls: true
  default_channels:
    - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
    - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
    - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
  custom_channels:
    conda-forge: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
    msys2: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
    bioconda: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
    menpo: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
    pytorch: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
    simpleitk: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  

• 查看是否配置成功 conda info，如果没问题，我们可以看到配置的镜像信息

• 清除缓存 conda clean -i

• 新建环境

  conda create --name your_env_name

  your_env_name是环境名称，对环境的操作后面会详述

• 激活环境

  conda activate

• pip 镜像配置

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pip -U
pip config set global.index-url https://pypi.douban.com/simple

其他镜像地址

使用

文档：https://conda.io/en/latest/

包管理功能

• 搜索包

  • 查看特定包

    conda search fastqc

• 安装包

  • 安装特定包（需要确认安装，可以看到conda已经将包依赖问题，环境问题已经解决）

    conda install fastqc

    

  • 安装特定版本的软件包（查看软件版本可以使用conda search fastqc）

    conda install fastqc=0.11.6

    

  • 安装多个包

    conda install fastqc multiqc

• 包更新

  • 更新特定包

    conda update fastqc

  • 更新Python

    conda update python

  • 更新conda本身及Anaconda元数据包

    conda update conda

    conda update anaconda

  • 防止包更新

    conda update fastqc --no-pin

    在环境的conda-meta目录中，添加一个名为pinned的文件，其中包含您不想更新的软件包列表。

• 包删除

  • 删除当前环境中的包

    conda remove pkg_name

  • 删除特定环境中的包

    conda remove -n env_name pkg_name

  • 删除多个包

    conda remove pkg_name1 pkg_name2

  • 确认删除的包

    conda list

• 包列表

  • 当前环境所有包

    conda list

  • 特定环境所有包

    conda list -n env_name

环境管理功能

• 创建环境

  • 创建特定名字的环境

    conda create -n env_name

  • 使用特定版本的Python创建环境

    conda create -n env_name python=3.4

  • 使用特定包创建环境

    conda create -n env_name pandas

  • 用 environment.yml 配置文件创建环境

    conda env create -f nvironment.yml

    environment.yml 文件：

    name: stats2
    channels:
      - javascript
    dependencies:
      - python=3.4   # or 2.7
      - bokeh=0.9.2
      - numpy=1.9.*
      - nodejs=0.10.*
      - flask
      - pip:
        - Flask-Testing
    

• 导出环境文件environment

  • 导出environment.yml环境文件

    • 激活需要导出文件的环境

      conda activate env_name

    • 导出

      conda env export > environment.yml

• 激活环境

  conda activate env_name

• 停用环境

  conda deactivate env_name

• 查看环境（当前环境用*表示）

  conda info -envs
  或conda env list

  

• 删除环境

  conda remove -n env_name --all

• 构建相同的conda环境（不同机器间的环境复制）

  • 激活需要导出配置文件的环境

    conda list --explicit > files.txt

  • 在同系统的不同机器执行

    conda create --name env_name -f files.txt

• 克隆环境（同一台机器的环境复制

  conda create --name clone_env_name --clone env_name

渠道管理

• 添加新渠道到顶部，最高优先级

  conda config --add channels new_channel

  或者conda config --prepend channels new_channel

• 添加新渠道到底部，最低优先级

  conda config --append channels new_channel

卸载

直接卸载会有配置文件，注册表等残留

• conda install anaconda-clean
• anaconda-clean --yes
• 进入安装目录执行 Uninstall_Anaconda3.exe

实例

创建不同版本的Python环境

• Python 3.6 的 Anaconda 环境

  conda create -n py36 python=3.6 anaconda

• Python 2.7 的 Anaconda 环境

  conda create -n py27 python=2.7 anaconda

报错解决

1、conda activate 后报找不到路径错误
解决：修改用户名为英文，参考：https://blog.csdn.net/weixin_44815511/article/details/121549369
2、安装或卸载anaconda 后打不开cmd
解决：打开注册表，Computer\HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Command Processor，删除 AutoRun 项