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newCellDataSet(data.matrix(mat_to_cluster), phenoData = pd, featureData = fd, 
                                    expressionFamily = negbinomial.size(),
                                    lowerDetectionLimit = 0.1)

之前R的版本是4.1是可以正常运行的，但是升级为4.2版本时就报错了，如上图，我尝试了多种方法，最后发现用Seurat的as.sparse函数可以运行,也就是把data.matrix换成as.sparse

newCellDataSet(as.sparse(mat_to_cluster), phenoData = pd, featureData = fd, 
                                    expressionFamily = negbinomial.size(),
                                    lowerDetectionLimit = 0.1)

但是我发现了聚类的结果不一样，之前是7类

现在是13类

因为版本问题，聚类的结果也不一样，这个暂时没想到怎么办，不过问题不大，我们可以自己设计如何聚类。