[AMBER] importlib.metadata.PackageNotFoundError: pdb4amber

  • Post author:
  • Post category:其他

Amber在处理配体和受体文件时候,发现pdb4amber不能用,如下图所示:
在这里插入图片描述
由于博主在安装amber过程中未采用自带的miniconda进行安装,自定义了anaconda的路径进行配置和安装软件,可能出现了上述问题。

解决方案:
1、配置PATHPYTHON路径信息,

vim ~/.bashrc
#pdb4amber
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/amber20/lib/python3.8/site-packages/pdb4amber-20.1-py3.8.egg/
source ~/.bashrc

2、在amber目录下有个pdb4amber-20.1-py3.8.egg文件夹,复制到anaconda的site-packages目录下

cp -r $AMBERHOME/lib/pyhton3.8/site-packages/pdb4amber-20.1-py3.8.egg /home/anaconda/lib/python3.8/site-packages/

3、随后出现了一个缺失包parmed,进行pip 安装
在这里插入图片描述

pip install parmed

4、然后在其他目录输入pdb4amber -h,可以正常工作了
在这里插入图片描述


版权声明:本文为liurugongzi123原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。