Amber在处理配体和受体文件时候,发现pdb4amber不能用,如下图所示:
由于博主在安装amber过程中未采用自带的miniconda进行安装,自定义了anaconda的路径进行配置和安装软件,可能出现了上述问题。
解决方案:
1、配置PATHPYTHON路径信息,
vim ~/.bashrc
#pdb4amber
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/amber20/lib/python3.8/site-packages/pdb4amber-20.1-py3.8.egg/
source ~/.bashrc
2、在amber目录下有个pdb4amber-20.1-py3.8.egg文件夹,复制到anaconda的site-packages目录下
cp -r $AMBERHOME/lib/pyhton3.8/site-packages/pdb4amber-20.1-py3.8.egg /home/anaconda/lib/python3.8/site-packages/
3、随后出现了一个缺失包parmed,进行pip 安装
pip install parmed
4、然后在其他目录输入pdb4amber -h,可以正常工作了
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