解决思路：手动将图标添加到系统默认的路径下面
以在Flatpak下安装VSCode为例，可手动将
/var/lib/flatpak/app/com.visualstudio.code/current/active/export/share/applications/com.visualstudio.code.desktop
文件复制到
/usr/share/applications
目录中，然后将
/var/lib/flatpak/app/com.visualstudio.code/current/active/export/share/icons/hicolor/
下的4个文件夹也复制到
/usr/share/icons/hicolor
里面是
com.visualstudio.com.png
图标文件。
完成后需要重新启动，如果不重启，则启动器只会显示一个没图标的菜单项。
主要参考