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  3. fastq文件转化成fasta格式文件

fastq文件转化成fasta格式文件

  • Post author:xfxia
  • Post published:2023年9月14日
  • Post category:其他



方法1


awk

‘{if(NR%4 == 1){print “>” substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}’

fastq

>

fasta




方法2:


awk

‘BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,”>”);print}; if(P==4)P=0; P++}’

fastq > fasta



推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷,有些数据的值也是@,如果恰好是第一个碱基,就会出错

转载于:https://www.cnblogs.com/ytu-CL/p/4969085.html


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