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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化
上次进行了芯片内的归一化，但是我们的数据来自于10张芯片，为了让这10张芯片之间有可比性，需要进行芯片间归一化。
具体原理就不介绍了。
这里用到Bioconductor的一个package，叫做limma，以及其中的函数normalizeBetweenArrays()
由于normalizeBetweenArrays()需要log intensity或log ratio作为输入，于是先进行log转化：
#log transformation
norm_log<-matrix(data = NA, nrow =dim(normed)[1], ncol = dim(normed)[2], byrow = TRUE, dimnames = NULL)
for (i in 1:dim(normed)[1]){
for (j in 1:dim(normed)[2]){
norm_log[i,j]<-log(normed[i,j])/log(2)
}
}
然后利用函数进行芯片间归一化：