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最近需要用到层次聚类，发现在Matlab上很容易实现，下面是代码加详细注释

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clc

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mdist=input(‘输入坐标文件名字\n’);

disp(‘读取数据坐标’)

%获取坐标

%文件为二维的坐标，第一列为x轴坐标，第二列为y轴坐标

xx=load(mdist);

%获取数据的个数存至number

[number, row]=size(xx);

%获取距离矩阵，第二参数指定距离计算方法

%可选参数有’euclidean’：欧氏距离(默认)；’seuclidean’：标准化欧氏距离；

%’mahalanobis’：马氏距离；’cityblock’：布洛克距离；’minkowski’：明可夫斯基距离；

%’cosine’：余弦距离 ‘correlation’：相关性 ‘hamming’：汉明距离 ‘jaccard’：Jaccard相似度

%’chebychev’：Chebychev距离。

yy=pdist(xx,’euclidean’);

%获取聚类，第二参数指定层次聚类方式

%’single’：单连通，最短距离法(默认)；’complete’：全连通，最长距离法；’average’：未加权平均距离法；

%’weighted’： 加权平均法；’centroid’： 质心距离法；’median’：加权质心距离法；’ward’：内平方距离法(最小方差算法)

zz=linkage(yy,’single’);

%指定获取簇类个数

Ncluster=input(‘输入类个数\n’);

%获取指定Ncluster个数的聚类结果

c = cluster( zz,’maxclust’, Ncluster );

%获取绘图所需颜色

%需要用到linspecer.m文件

%下载地址

%http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/42673-beautiful-and-distinguishable-line-colors-+-colormap

if(Ncluster>12)

Color = linspecer( Ncluster );

else

Color = linspecer( Ncluster, ‘qualitative’ );

end

for i=1:Ncluster

for j = 1:number

if(c(j) == i)

hold on

plot(xx(j,1),xx(j,2),’o’,’MarkerFaceColor’,Color(i,:),’MarkerEdgeColor’,Color(i,:))

end

end

end

参考资料：