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安装ubuntu
Trimmomatic和bowtie都需要一个linux环境才能使用，请直接参考
这篇百度百科
，安装ubuntu，以获得linux环境来运行这些软件。
在 “C:\Users\<你的windows用户名>\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\home\<你的ubuntu用户名>\” 下新建2个文件夹,一个重命名为“
software
”用于存放软件，另一个重命名为“program_files”用于安装软件。
安装trimmomatic
用浏览器打开下面的链接，下载最新版本对应的
binary
下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
下载完成后，将其解压到刚才新建的
software
文件夹中。然后打开ubuntu，输入java -jar ~/
software
/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE（注意这里的版本号是0.39，你需要改成你自己下载的版本）即可运行！
即可运行。什么？你的终端里报出了下面的代码？
程序 'jar' 已包含在下列软件包中:
* default-jre
* gcj-4.9-jre-headless
* gcj-5-jre-headless
* openjdk-8-jre-headless
* gcj-4.8-jre-headless
* openjdk-9-jre-headless
请尝试：sudo apt install <选定的软件包>
不用慌，按照提示直接输入 sudo apt install default-jre，回车，输入y，回车，等它安装完之后，再输入sudo apt install default-jdk（注意这次最后是jdk结尾），回车，输入y，回车。等安装完之后，就可以运行trimmomatic了。什么？你的ubuntu里面又出现了下面的代码？
Error: Unable to access jarfile ~seqTrimmomatic-0.39trimmomatic-0.39.jar不用慌，因为权限没有打开。下面是打开权限的方法：
输入cd
software
，回车，进入software文件夹
输入chmod 777 T<tab键>，回车，打开文件夹权限
输入cd T<tab键>，回车。进入Trimmomatic-0.39文件夹
输入chmod 777 t<tab键>，回车，打开trimmomatic-0.39.jar的权限
输入 cd ~，回车，返回根目录。
然后就可以运行trimmomatic了。出现下图所示的代码，表示安装成功，可以使用了。
安装bowtie
你可以下载任何版本，进去之后下载后缀为linux-x86_64.zip的那个文件。并且解压到
software
文件夹中。然后还是开权限，不过这个文件夹里需要开放的文件太多了，所以我们
输入cd
software
，回车，进入software文件夹
输入chmod -R 777 b<tab键>，回车，打开bowtie文件夹权限以及文件夹里面所有文件的权限
输入cd b<tab键>，回车。进入bowtie2-2.4.4-linux-x86_64文件夹。
输入ls，回车。若出现如下图一样的一堆绿色的单词，表示安装完成，可以直接使用了。
安装GCC
安装samtools之前需要安装一个linux系统下的C语言编译器，即GCC。安装它之前，需要把源给更新一下，可以参考
这篇博客
，完成前3步即可。不过你会发现参考博客中的第2步更换源步骤中，gedit是用不了的，直接用下面方法手动替换即可。
直接将 ‘C:\Users\<你的windows用户名>\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\etc\apt’ 目录下的“source.list”用记事本打开，全选，删除，把下面这些玩意儿（即阿里源）复制粘贴进去，保存后关闭。然后第3步更新还是照着参考博客即可。
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
完成之后，就可以输入sudo apt install gcc，回车了，然后输入Y，回车，就能安装好gcc了。
另外，经过检查，我发现上面那个源虽然可以安装GCC，但你仍然需要在安装完了GCC之后，参考
另一篇博客
把源换成跟你的ububtu版本相对应的源，后续的操作才不会报错。
安装samtools
下载完成后解压到
software
文件夹。在program_files文件夹中新建一个“samtools”的文件夹，用于安装samtools。然后打开ubuntu
输入chmod 777 p<tab键>，回车，打开program_files文件夹权限
输入chmod 777 s<tab键>，回车，打开samtools文件夹的权限
输入cd，回车，回到主目录
输入cd
software
，回车，进入software文件夹
输入chmod -R 777 s<tab键>，回车，打开samtools文件夹权限以及文件夹里面所有文件的权限
输入cd s<tab键>，回车。进入samtools的文件夹。
输入./configure –prefix=/home/<你的linux用户名>/program_files/samtools，将samtools安装到samtools文件夹中。
什么？报出下面的错误？
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/home/imhjz/software/samtools-1.14':
configure: error: C compiler cannot create executables哦，你得再安装一个c语言编译器libc6-dev，方法如下：
sudo apt-get install libc6-dev，回车，Y，回车
然后再./configure 就不会报上面的那个错误了，而是报下面这个错误：
The 'samtools tview' command uses the curses text user interface library.
Building samtools with tview requires curses/ncurses/etc development files
to be installed on the build machine; you may need to ensure a package such
as libncurses5-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or ncurses-devel (on RPM-based
Linux distributions) is installed.
FAILED. Either configure --without-curses or resolve this error to build
samtools successfully.咋解决呢？
照着bug说的做，我们安装 libncurses5-dev
输入sudo apt-get install libncurses5-dev，回车，输入Y，回车
这回再用./configure，就不会报上面的错误了，而是报下面的错误：
Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
Building samtools requires zlib development files to be installed on the build
machine; you may need to ensure a package such as zlib1g-dev (on Debian or
Ubuntu Linux) or zlib-devel (on RPM-based Linux distributions) is installed.
FAILED. This error must be resolved in order to build samtools successfully.还是照着bug说的坐，我们安装zlib1g-dev（注意字母l和数字1别搞混）
输入sudo apt-get install zlib1g-dev，回车，输入Y，回车
这回再用./configure，就不会报上面的错误了，而是报下面的错误：
Building HTSlib requires libbzip2 development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as libbz2-dev (on Debian
or Ubuntu Linux) or bzip2-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin)
is installed.
Either configure with --disable-bz2 (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.14照着bug说的做，安装libbz2-dev
输入sudo apt-get install libbz2-dev，回车，报出下面错误：
E: Invalid operation install libbz2-dev
不急，ubuntu不给我们装libbz2-dev，我们去
这里
下载一个替代品zlib2，然后自己手动装。
安装zlib2
下载下来后先解压到
software
文件夹，然后将其中的
bzlib.h
文件复制进rootfs/usr/include路径下，打开ubuntu，
输入cd，回车，回到根目录
输入#include “bzlib.h”，回车
输入cd s<tab键>，回车，进入
software
文件夹
输入chmod -R 777 bz<tab键>，打开文件夹权限
输入cd bz<tab键>，回车进入bzlib文件夹
输入make -f Makefile-libbz2_so，回车，发现如下报错：
Command 'make' not found, but can be installed with:
sudo apt install make # version 4.2.1-1.2, or
sudo apt install make-guile # version 4.2.1-1.2好，安装第一个，
输入sudo apt install make，回车安装
再输入make -f Makefile-libbz2_so，回车
输入make && make install，回车，发现下面的报错：
mkdir: cannot create directory ‘/usr/local/man/man1’: Permission denied
make: *** [Makefile:76: install] Error 1没有权限创建文件夹？简单，我们手动创建一个就行了
从C盘进入/rootfs/usr/local，发现里面已经有了一个“man”的文件，它会妨碍我们建“man”文件夹，所以我们把它改名为“man.i”，然后新建一个“man”文件夹
接着打开ubuntu：
输入cd，回车，进入主目录
再输入两次cd ..，回车，退到rootfs目录。
然后cd usr/local/man，回车进入man文件夹
输入sudo mkdir man1，回车，创建成功
再输入cd，回车，进入主目录
输入cd s<tab键>bz<tab键>进入bzlib文件夹，
再输入make && make install，回车，上面的报错就没有了，取而代之的是如下报错：
cp: cannot create regular file '/usr/local/bin/bzip2': Permission denied
make: *** [Makefile:78: install] Error 1一样的问题， 我们用相同的办法创建bzip2文件夹就行了
再之后又报了错，总说什么权限不够，烦了，开启管理员权限吧，
看这篇博客开启root权限
，当你的输入框前面的“$”符号变成“#”，你知道现在你可以为所欲为了
输入cd，回车。由于切换了管理员用户，现在你不是在主目录。
再输入cd ..，回车，进入rootfs目录
输入ls，回车，查看当前目录下有哪些文件/文件夹。从这些文件可以推测现在是在rootfs目录下。
再输入 cd home/imhjz/software/bzip2-1.0.6/，回车，进入bzip文件夹
现在你可以尝试
输入make -f Makefile-libbz2_so，回车
输入make && make install，回车，如果最后几段像下面这样，说明解决了。
chmod a+r /usr/local/man/man1/bzdiff.1
echo ".so man1/bzgrep.1" > /usr/local/man/man1/bzegrep.1
echo ".so man1/bzgrep.1" > /usr/local/man/man1/bzfgrep.1
echo ".so man1/bzmore.1" > /usr/local/man/man1/bzless.1
echo ".so man1/bzdiff.1" > /usr/local/man/man1/bzcmp.1
root@LAPTOP-TA3GG066:/home/imhjz/software/bzip2-1.0.6# cd ..
root@LAPTOP-TA3GG066:/home/imhjz/software# cd samtools-1.14/如果没有解决，cd进入usr/local/bin/目录，使用rm -rf bzip2，回车，彻底删除bzip2，然后再使用sudo mkdir bzip2重建文件夹，回到software/bzip文件夹进行make && make install即可。
继续安装samtools
输入su <你的linux用户名>从root管理员账户回到我们的账户
然后cd，回车进入主目录
再cd software/s<tab键>，回车进入samtools文件夹，进行./configure，出现如下报错：
Building HTSlib requires liblzma development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as liblzma-dev (on Debian
or Ubuntu Linux), xz-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin), or
xz (via Homebrew on macOS) is installed; or build XZ Utils from source.
Either configure with --disable-lzma (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.14好，安装liblzma-dev，输入sudo apt-get install liblzma-dev，又是下面的报错：
E: Invalid operation install liblzma-dev好，ubuntu不给我们装，我们再手动装一次。
安装liblzma-dev
在source栏目中点击xz，选择一个ubuntu的release版本，点source版本，下载个orig.tar.xz，将xz.5.2.4文件夹解压到software文件夹。在program_files文件夹下创建一个“xz”文件夹，然后打开ubuntu
先cd进入program_files文件夹，chmod 777 xz，打开xz文件夹的权限
再cd进入software，使用chmod -R 777 xz<tab键>开放xz.5.2.4文件夹权限
然后进入xz.5.2.4文件夹，使用./configure –prefix=/home/imhjz/program_files/xz进行配置，使用make回车进行编译，再使用make install进行安装
然后再回到
下载链接
中，下载Downloadable files栏目下的liblzma-dev_5.2.4-1ubuntu1_amd64.deb，不用解压，直接整个文件粘贴到software文件夹
cd到software文件夹，chmod 777 lib<tab键>，打开文件权限
然后sudo dpkg -i lib<tab键>，安装liblzma即可！
继续安装samtools
cd，回车进入主目录
cd software/s<tab键>，回车进入samtools文件夹，进行./configure –prefix=/home/<你的linux用户名>/program_files/samtools，不再报错，成功安装在了program_files的samtools文件夹。
安装BEDtools
在program_files文件夹下新建一个“bedtools”文件夹
cd进入program_files，使用chmod 777 bedtools打开文件夹权限后cd进入bedtools文件夹
然后
输入curl -OL https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.22.0/bedtools-2.22.0.tar.gz，回车，下载bedtools
输入tar zxvf bedtools-2.22.0.tar.gz，回车，解压bedtools文件
输入cd bedtools2，回车，进入bedtoools2文件夹
输入make，回车，出现以下报错：
* compiling bedFile.cpp
make[1]: g++: Command not found
make[1]: *** [Makefile:23: ../../../obj//bedFile.o] E应该是需要安装g++包，我们来安装一下
输入sudo apt-get install g++，回车
安装完后再次make，报出出现如下错误：
/bin/bash: python: command not found
make: *** [Makefile:103: all] Error 127应该是需要安装python，我们来安装以下
输入sudo apt-get install python，回车，输入Y，回车
安装完成后再次make，编译成功。
然后输入su root切换到管理员账户，输入ln -sf ~/program_files/bedtools2/bin/bedtools /bin/bedtools，为bedtools命令创建一个链接，再输入su <你的linux用户名>回到自己账户。
再输入sudo apt install bedtools，安装bedtools即可完成安装。
安装picardtools
直接输入sudo apt install picard，回车即可安装。