随着医疗技术和信息技术的飞速发展，医院信息系统也在不断发展、完善，可以预见，医院信息系统在医院中应用的范围、水平将对医院的改革和现代化进程产生越来越重要的影响。
一、存在的问题
(一)医院信息系统职能部门不够健全。大中型医院中，部分医院成立了专门的职能部门(如信息科、计算机中心、网络中心、微机中心、医学工程科等)，但规模较小的医院职能部门不健全。
(二)医院信息系统应用范围不够广泛。大部分医院建立了相关业务部门的简单小局域网，如财务管理、病案管理、门诊收费、药品管理、设备器材管理等。有统计表明国内只有三分之一的医院较系统地开展了医院信息系统的开发和应用工作。
(三)医院信息系统的管理和维护力度不够。部分医院领导者缺乏强烈的信息化意识，在管理思想上不能适应要求，习惯于旧的管理模式，对于医院的信息管理工作的重要性和对HIS在整个医院管理工作中的重要作用认识不够，造成了在整个HIS建设过程中进度缓慢，影响了医院信息系统的有效建设。
(四)医院信息系统安全问题不可忽视。网络操作系统、开发平台、数据库系统存在安全隐患。
二、应用的建议
(一)不断拓展临床信息系统。包括：(1)临床监护信息系统：研制和应用临床监护信息系统，必须能够与临床监护设备相连接，直接获取病人的各种体征信息，为疾病的救治提供辅助诊疗信息。(2)手术麻醉信息系统：手术麻醉信息系统将实现麻醉医生对手术病人信息管理的需求，可分别对术前、术中、术后三个阶段的信息管理提供支持。(3)护理信息系统：整体护理模式下，要求全面记录病人的病情，对病人的健康状况进行全面评价；针对问题，提出护理诊断；根据诊断，采取相应的生理心理护理措施，减少护理文书的工作时间、提高护理工作质量。