Win32 application 是基于WINDOWS平台的32位开发环境开发应用程序，SDK程序。
Win32 Console application 是基于DOS开发平台开发应用程序，不能使用与图形有关的函数，控制台程序。
EXE文件本身有区别:在文件头里(PE头)有一个标记表明该文件是Application还是Console
OS在创建对应的进程时,如果是Console,除了载入文件映像并开启进程外(这一点和Application相同),同时创建一个Console对象(就是那个黑黑的窗口)与之关联,而且这种关联是可以编程脱开的.
除此以外,就没什么区别了,在Console程序里调用相应的API也可以创建窗口,对话框什么的。
Win32 Application和Win32 Console Application都是工作在32位Windows环境的程序。
其中Win32 Application就是普通的常见的窗口应用程序，当然有的界面做得比较个性化，比如圆形的、不规则形状的……它们都是所谓的GUI(Graphics User Interface图形用户接口)，我们可以通过鼠标点击来完成控制。
而Win32 Console Application(win32控制台应用程序)往往是像MS-DOS窗口（XP中叫命令提示符）的样子出现，我们得用键盘输入各种命令来使用它；或者叫CUI(Character User Interface字符用户接口)。
vc6里Win32 Application和Win32 console Application的区别
很多VC初学者可能会常遇到如下链接错误：
Linking… /subsystem:windows
LIBCD.lib(wincrt0.obj) : error LNK2001: unresolved external symbol _WinMain@16
Debug/TestWin.exe : fatal error LNK1120: 1 unresolved externals
Error executing link.exe.
解决方法是：将project-settings-link的project options里的
/subsystem:windows
改成
/subsystem:console
原因：Win32 Application的入口函数为WinMain
Win32 Console Application的入口函数是main
换句话说，如果你编写传统的C程序，必须建立Win32 Console程序，但VC里面默认的是Win32 Application，于是上面提及的链接错误就就经常出现了而Win32 Application和Win32 Console的区别就在于VC里链接参数不同 。
另：
Win32 Console Application只能运行命令行程序
Win32 Application是基于消息响应机制的，可以运行图形化的C++程序
对于这两种程序VC里面有专门的设置对应：
打开project-setting,c/c++选项卡中Category选General,下面就会有Preprocessor definetions一项，里面有_WINDOWS或者_CONSOLE。然后再看Link选项卡，Category同样选General，在下面的Project Options里就会有/subsystem:windows或者/subsystem:console。
运行Win32 Console Application一定要把这两个地方改成console，不然编译出错。
同理Win32 Application要把两个地方改成windows。