很愚蠢的一点,输入wget之后,就放假回家去了,导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了……..
浏览器下载失败,转用wget URL的形式失败,改为采用:
下载完成后,进行如下操作:
而后,unzip gatk-4.0.2.1.zip文件,cd gatk-4.0.2.1后,ls下:
—>新的环境需求,嗯,对的,目标是先local配置下gatk,然后运行下样例文件,所以,继续配置所需要的环境配置
1:GATK4.beta.3 or later
由于之前已经安装了,这里就先不安装了。
2:Picard2.x
3:Samtools
4:Python 2.7
5:Cromwell
首先,下载cromwell相应版本的jar包,这里下载的是30.2,考虑到网络不是很好,加入了相关参数:
下载后,ls确认下是否在的:
而后,编辑myWorkflow.wdl文件,尝试进行运行即可:
运行结果为:
通过以上的测试,cromwell就安装成功了。
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