软件:Rstudio
文件:GO富集结果,感兴趣的GO条目或者基因(本文以基因为例)
1,准备一个基因,将其在注释文件中所含有所有GOs号找出来。
2,准备好GO富集结果
3,打开Rstudio
library(readr)
library(tidyverse)
library(org.Ji.eg.db)
library(clusterProfiler)
#建立索引,AVG是找到的所有的GO号
index_IL_BP <- which(AVG$ID %in% avgvscon$GO)
#选出15个GO条目,作为showCategory窗口的文件
description_IL_BP <- AVG_CONgo@result$Description[index_IL_BP][1:15]
#dotplot画图,label_format,可以使得较长的term一行展示50个字。
dotplot(AVG_CONgo,showCategory = description_IL_BP,title ="AVGvsCON_IL_BP",label_format=50)
barplot(AVG_CONgo,showCategory = description_IL_BP,title ="AVGvscon_IL_BP",label_format=50)
4,结果:
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