原标题:常用的linux命令和逐行数据处理的例子
Linux具有开源,处理性强等优点。
并且由于生物数据量较大,对数据处理性能要求更高,
所以生物信息分析软件大多都是针对linux系统进行开发的。
在日常的生物信息分析中,
我们几乎离不开linux平台,
今天我们给您介绍的小命令你可能常常使用,
能够帮助我们简单舒适的处理手头上庞大的生物信息数据。
一,常用的小命令
cd打开文件目录
ls显示文件
ls -al |grep ‘^d’ 显示目录ls -al |grep ‘^[^d]’ 在一个目录中查询不包含目录的所有文件
less文件名 查看文件内容 按“q” 退出
cat文件名 打开文件,可以多次打开几个文件
cat > 2.txt (用定向符创建文件,填写内容后,按ctrl+d保存内容)
grep-参数 文件名
-i 不区分大小写
-v 显示不符合条件的所有行
-c 显示符合条件的所有行数(符合条件的数量)
mkdirmywork 建立mywork这个目录
cpfilename1 filename2 拷贝文件或目录
mv源文件或目录 目标文件或目录 移动或重命名文件cut-f ‘1,5’文件 剪切文件的第1列和第5列
head-2 文件名 显示2行
head -100 文件名 | tail -10 >>a.log 提取文件第91-100行数据
wc-参数 文件名 统计文本大小,字符多少,行数
-c 统计文本字节数
-m 统计文本