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超度量：


如果一棵树满足以下属性，那么它是超度量的：对于任何顶点v∈V（V是树节点集合），我们对于v的所有后代x、x’ 都有b(v，x)=b(v，x’) （b(v, x’)表示节点v与x’之间分支长度之和），如下图所示，b(v，x)=b(v，x’)=0.4，这个假设意味着沿着从v到它的所有后代的路径有一个恒定的进化速率。

个人理解这也就是

时钟树

的意思。




非时钟树：


要是不做超度量假设，产生的树称为非时钟树。例如：b(v，x)=0.4，b(v，x’)=0.5

假设有n个物种，则树的内部节点有n-1个，每个内部节点有左右两个子树，如果做时钟树假设，那么需要考虑的分支长度有n-1个，如果不做时钟树假设，考虑的分支长度有2*(n-1)个（左右都考虑）。