1、医学配准elastix开源框架使用介绍
前言
elastix基于ITK,提供多种组合解决多种模态医学图像之间的配准问题,通过命令行调用。
一、elastix资源介绍
官网:https://elastix.lumc.nl/
Download或者GitHub:可以下载源码或者exe以及用户手册
Model Zoo:官方测试用例,其中par0013是2D 3D配准测试用例(仅elastix5支持该组件)
二、命令行调用exe测试2D3D配准例子
elastix支持2D/2D、3D/3D、2D/3D图像配准,ElastixModelZoo-master的60组示例中,仅par0013组数据是2D/3D配准数据,支持有/无mask配准情况。
1.exe文件说明
2.命令行参数
cmd需要进入到exe所在的当前文件
配准模块:elstix.exe
elastix -f exampleinput/fixed.mhd -m exampleinput/moving.mhd -out exampleoutput -p exampleinput/parameters_Rigid.txt -p exampleinput/parameters_BSpline.txt
变换模块:transform.exe
transformix -in exampleinput/moving.mhd -out exampleoutput -tp exampleoutput/TransformParameters.0.txt
总结
主要是elastix框架的使用,未涉及理论知识,理论知识部分会慢慢更新。
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