一、elastix-医学配准开源框架使用介绍

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1、医学配准elastix开源框架使用介绍




前言


elastix基于ITK,提供多种组合解决多种模态医学图像之间的配准问题,通过命令行调用。




一、elastix资源介绍


官网:https://elastix.lumc.nl/

在这里插入图片描述

Download或者GitHub:可以下载源码或者exe以及用户手册

Model Zoo:官方测试用例,其中par0013是2D 3D配准测试用例(仅elastix5支持该组件)

在这里插入图片描述



二、命令行调用exe测试2D3D配准例子


elastix支持2D/2D、3D/3D、2D/3D图像配准,ElastixModelZoo-master的60组示例中,仅par0013组数据是2D/3D配准数据,支持有/无mask配准情况。



1.exe文件说明

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2.命令行参数


cmd需要进入到exe所在的当前文件

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配准模块:elstix.exe

elastix -f exampleinput/fixed.mhd -m exampleinput/moving.mhd -out exampleoutput -p exampleinput/parameters_Rigid.txt -p exampleinput/parameters_BSpline.txt

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变换模块:transform.exe

transformix -in exampleinput/moving.mhd -out exampleoutput -tp exampleoutput/TransformParameters.0.txt

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总结


主要是elastix框架的使用,未涉及理论知识,理论知识部分会慢慢更新。



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