我自己还是觉得用eclipse第三方插件fatjar直接把java项目打包成jar，上传到服务器直接运行（赋执行权限）即可，参考上一篇关于插件的文章。下边的方法（网上的一些相关资料和做法）有点麻烦，而且容易出错。
1. 先在eclipse下把项目源码导出成jar包，可以选中项目右键->export->jar 。。一步一步到底，最后变成1.jar，再把额外的一些jar包，如lucene、mysql-connecor的一些jar包也打包成一个2.jar（最后使用起来方便），上传到服务器（命令scp -r -Pxx端口号 username@xxx /….）接着输入密码，注意端口号前P要大写，斜杆后世你要把上传的jar包放的路径；
2.除此之外，也要把你的源码的主类文件（含有main函数,如test.java）也上传到服务器上（摆放的位置随意，记得就好）；
3.执行。先要执行javac，生成.class文件。格式如下：
javac -cp /home/username/../1.jar:/home.username/../2.jar test.java
4. 对于生成的class文件。执行
java -cp /home/username/../1.jar:/home.username/../2.jar：test
注意：如果class文件有包名字，如package.test，应该是：
java -cp /home/username/../1.jar:/home.username/../2.jar：package.test
最后的冒号不能少~~~
将java工程打成jar包，但第三方jar包并没有包含在包中，当在命令行中运行jar包时，出现类找不到的异常，
在网上看到解决办法是将第三方jar包放到JDK的扩展类文件夹中（%JAVA_HOME%/jre/lib/ext），
再运行，还是出现同样的错误，我的java工程要调用webservice，webservice工程中也用到了相同的jar包，
在启动服务器的时候，不能正确部署webservice，应该是webservice工程中的jar包和JDK中的jar包有了冲突。
通过不断地试验，终于成功了！
1、新建文件夹test位于D盘；
2、将用到的所有第三方jar包放在文件夹lib下，再将lib放在test下；
3、导出的java工程jar包a.jar也放在test下；
4、修改工程jar包META-INF文件夹下的MANIFEST.MF配置文件：
Manifest-Version: 1.0
Main-Class: cn.golaxy.yqpt.client.main.GatherMain
Class-Path: lib/soapmonitor-1.5.jar
lib/spring-aop.jar
写明main函数的包路径（注意：冒号后加一个空格）！
在class-path后写上引用到的所有jar包（注意：要分行写，并不是说一行写一个jar包，只要保证这一行不要太长就好，否则会出现Exception in thread “main” java.io.IOException: line too long
at java.util.jar.Attributes.read(Attributes.java:356)
at java.util.jar.Manifest.read(Manifest.java:167)
at java.util.jar.Manifest.<init>(Manifest.java:52)
at java.util.jar.JarFile.getManifest(JarFile.java:158)
异常，换行时前面加两个空格，最后还有一个回车）！
5、将修改好的MANIFEST.MF文件覆盖掉原来的；
6、在命令行下执行jar包：java -jar a.jar。
够详细的了吧，希望能帮到你O(∩_∩)O哈哈~
在linux 服务器上运行JAVA工程需注意。
1： 在linux 上： /etc/profile 设置classpath 配置正确的jar 路径。
2： 把本地JAVA工程做成一个jar包。如：1.jar
3: 把JAVA工程的包含的jar包 和步骤2中的jar包 上传到制定目录。 如2.jar
运行
java -classpath /usr/javalib/1.jar:/usr/javalib/2.jar java类
例如：如果在/etc/profile中设置
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:/home/caojh/lib/commons-lang-2.2.jar:/home/caojh/lib/junit.jar:
可以省去 -classpath .
注意：eclipse 中的工程需单独做成一个jar包.