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Nat Med 的图是真的好看啊


GSVA+limma 差异通路的分析,主要参考:

跟着 Nat Med. 学作图 | GSVA+limma差异通路分析+发散条形图

，过程略去不谈。主要想说一下，其中之前没有搞清楚的点。

1 为什么使用limma包？

可以做差异的包有很多，

EdgeR

；

limma

等等等等，为什么要用limma？

这个其实我也不知道，网上基本都是使用limma包的，等这阵子忙过去了，看看其他几个包为什么不能用。

2 为什么使用T值而不是logFC。

这点我认为有以下几点考虑，首先利用GSVA之后的数据进行差异分析后，logFC都很小，对于可视化来说不方便，因此使用T值可以较为方便的展示结果。

我们一般将阈值设为2， 也就是说 | T | >= 2 则认为差异是显著的，如果T小于0，则认为对于输入的分组顺序来说，下调。如果t大于0，则认为上调。（T值为负代表前面一组样本的均值低于后面一组的均值）

一般的：1.64<=|t|<1.96，表示在0.10显著性水平显著；1.96<=|t|<2.58，表示在0.05显著性水平显著；|t|>=2.58，表示在0.01显著性水平显著。

当然这是我自己的考虑，如果有不对的地方，希望可以不吝赐教。