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问题描述


需要安装rdkit：


但是不知道为什么总是装不上

conda install -c rdkit rdkit
conda install -c conda-forge rdkit

但是

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

是可以的

原因分析：

1，源问题？


换源（从清华源换至中科大源等）不能解决问题

2，conda更新

conda update 

不能解决

3，conda 因为网络等问题有rdkit部分缓存?

conda clean -a

删除缓存和不用的包，再重新安装还是不起作用

4，pip安装

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

安装成功但是import rdkit，还是error

解决方案：

使用yaml导出含rdkit的虚拟环境包，然后导入更新即可：

导出:
conda env export > environment.yaml
导入:
conda env update -n my_env --file environment.yaml
查看一下：
conda list
......
rdkit                     2018.09.3        py27h9c20d5c_0    http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
......

安装成功！