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如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript
大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图,现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享,希望对大家的科研工作有所帮助,效果图如下:
- 在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列,本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对,并得到序列比对图;
- 打开ClustalW网站,采用Clustal算法进行序列比对,输入格式如下,点击Execute Multiple Alignment进行序列比对;
3、比对完成后,会自动弹出结果页面,点击clustalw.aln下载该序列比对文件,该文件即包含了两个序列的比对结果;
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