如果只用mysql数据库的话，感觉二者都差不多，个人偏爱于sqlyog.
我自己电脑上的sqlyog:12.04 professional
navicat: 15.0.14 premiun
具体区别：
1.支持的数据库，sqlyog目前除了mysql好像不支持其他数据库，Navicat支持一大堆的数据库
2.sqlyog支持表名过滤，快速找表，当一个项目的表超过30个的时候这个功能就很实用了。
3.sqlyog支持单表传到另外的机器上，非常方便，navicat我看了只能同步整个库，不能选表(也可能是我不常用navicat)，感觉sqlyog这方面的功能做的更细更完善
4.sqlyog还有一个很实用的功能，左边双击对象立即复制对象名到查询窗口，写复杂的查询时候这个功能很重要。
5.sqlyog打开一个查询后，可以选择部分行一键删除，这个功能是navcat没有的。
6.sqlyog编辑表字段的时候是可以随意上下移动字段的顺序，这个功能也是navcat没有的。
7.sqlyog有一个缺陷就是当设计表的时候如果有多个timestamp字段，他会自动给你最后一个非空字段加上自动更新，有时候功能会很别扭的
8.sqlyog的自动补全或者联想功能做的还是完全不够，比navcat差很多
9.sqlyog唯一的一个很致命的缺陷是低版本的或者在连接那里你忘记设置保持活动时间间隔的话，就会有一个很蛋疼的问题，你查询了一次之后时间很久了你再回来，再点一下就卡死了，这个卡死的时间会非常非常长，比你关掉sqlyog再打开还要长！！
10.总结，个人感觉sqlyog在很多方面做的更细节，更贴近于实际应用，但是确实也存在一定的不足。两个开发工具其实都是差不多的，看你个人习惯用哪个吧。