首选分析给出可能出现的原因，然后给出解决方案：
（1）找出原因：
造成这样的原因最常见的就是采集或者新旧数据转化——也就是一般说sql操作的时间过长，或者是传送的数据太大(例如使用insert … values的语句过长， 这种情况可以通过修改max_allowed_packed的配置参数来避免，也可以在程序中将数据分批插入(使用mysql limit进行分页，循环分批处理数据))；应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理。都容易引起MySQL server has gone away。
一种可能是发送的SQL语句太长，以致超过了max_allowed_packet的大小，如果是这种原因，你只要修改my.cnf，加大max_allowed_packet的值即可。
还有一种可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接，而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。
产生这个问题的原因有很多，归结下网上的分析：
1) 原因一. MySQL 服务宕了
判断是否属于这个原因的方法很简单，进入mysql控制台，查看mysql的运行时长
mysql> show global status like ‘uptime’;
+—————+——–+
| Variable_name | Value |
+—————+——–+
| Uptime | 125695 |
+—————+——–+
1 row in set (0.00 sec)
或者查看MySQL的报错日志，看看有没有重启的信息——如果uptime数值很大，表明mysql服务运行了很久了。说明最近服务没有重启过。如果日志没有相关信息，也表名mysql服务最近没有重启过，可以继续检查下面几项内容。
2) 原因二. mysql连接超时
即某个mysql长连接很久没有新的请求发起，达到了server端的timeout，被server强行关闭。此后再通过这个connection发起查询的时候，就会报错server has gone away（大部分PHP脚本就是属于此类）
mysql> show global variables like ‘%timeout’;
+—————————–+———-+
| Variable_name | Value |
+—————————–+———-+
| connect_timeout | 10 |
| delayed_insert_timeout | 300 |
| have_statement_timeout | YES |
| innodb_flush_log_at_timeout | 1 |
| innodb_lock_wait_timeout | 50 |
| innodb_rollback_on_timeout | OFF |
| interactive_timeout | 28800 |
| lock_wait_timeout | 31536000 |
| net_read_timeout | 30 |
| net_write_timeout | 60 |
| rpl_stop_slave_timeout | 31536000 |
| slave_net_timeout | 60 |
| wait_timeout | 28800 |
+—————————–+———-+
13 rows in set (0.01 sec)
wait_timeout 是28800秒，即mysql链接在无操作28800秒后被自动关闭
3) 原因三. mysql请求链接进程被主动kill
这种情况和原因二相似，只是一个是人为一个是MYSQL自己的动作
mysql> show global status like ‘com_kill’;
+—————+——-+
| Variable_name | Value |
+—————+——-+
| Com_kill | 10 |
+—————+——-+
1 row in set (0.00 sec)
4) 原因四. Your SQL statement was too large.
当查询的结果集超过 max_allowed_packet 也会出现这样的报错。定位方法是打出相关报错的语句。用select * into outfile 的方式导出到文件，查看文件大小是否超过 max_allowed_packet ，如果超过则需要调整参数，或者优化语句。
mysql> show global variables like ‘max_allowed_packet’;
+——————–+———-+
| Variable_name | Value |
+——————–+———-+
| max_allowed_packet | 20971520 |
+——————–+———-+
1 row in set (0.00 sec)
修改参数：
mysql> set global max_allowed_packet=1024*1024*16;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> show global variables like ‘max_allowed_packet’;
+——————–+———-+
| Variable_name | Value |
+——————–+———-+
| max_allowed_packet | 16777216 |
+——————–+———-+
1 row in set (0.00 sec)
(2) 解决MySQL server has gone away 方案
今天遇到类似的情景，MySQL只是冷冷的说：MySQL server has gone away。
这种情况可以通过修改max_allowed_packed的配置参数来避免，也可以在程序中将数据分批插入(使用mysql limit进行分页，循环分批处理数据)
大概浏览了一下，主要可能是因为以下几种原因：
一种可能是发送的SQL语句太长，以致超过了max_allowed_packet的大小，如果是这种原因，你只要修改my.cnf，加大max_allowed_packet的值即可。
还有一种可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接，而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。
1)、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。
解决方案：
在my.cnf文件中添加或者修改以下两个变量：
wait_timeout=2880000
interactive_timeout = 2880000
关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如：
sql = “set interactive_timeout=24*3600”;
mysql_real_query(…)
2)、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理
解决方案：
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小)
max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。
（3）扩展问题及方法：
当做网站有一个站要用到WEB网页采集器功能，当一个PHP脚本在请求URL的时候，可能这个被请求的网页非常慢慢，超过了mysql的 wait-timeout时间，然后当网页内容被抓回来后，准备插入到MySQL的时候，发现MySQL的连接超时关闭了，于是就出现了“MySQL server has gone away”这样的错误提示，解决这个问题，我的经验有以下两点，或许对大家有用处：
1)、第 一种方法：
当然是增加你的 wait-timeout值，这个参数是在my.cnf(在Windows下台下面是my.ini）中设置，我的数据库负荷稍微大一点，所以，我设置的值 为10，（这个值的单位是秒，意思是当一个数据库连接在10秒钟内没有任何操作的话，就会强行关闭，我使用的不是永久链接 （mysql_pconnect),用的是mysql_connect,关于这个wait-timeout的效果你可以在MySQL的进程列表中看到 （show processlist) ），你可以把这个wait-timeout设置成更大，比如300秒，呵呵，一般来讲300秒足够用了，其实你也可以不用设置，MySQL默认是8个小 时。情况由你的服务器和站点来定。
2)、第二种方法：
这也是我个人认为最好的方法，即检查 MySQL的链接状态，使其重新链接。
可能大家都知道有mysql_ping这么一个函数，在很多资料中都说这个mysql_ping的 API会检查数据库是否链接，如果是断开的话会尝试重新连接，但在我的测试过程中发现事实并不是这样子的，是有条件的，必须要通过 mysql_options这个C API传递相关参数，让MYSQL有断开自动链接的选项（MySQL默认为不自动连接），但我测试中发现PHP的MySQL的API中并不带这个函数，你重新编辑MySQL吧，呵呵。但mysql_ping这个函数还是终于能用得上的，只是要在其中有一个小小的操作技巧：
这是我的的数据库操 作类中间的一个函数
function ping(){
if(!mysql_ping($this->link)){
mysql_close($this->link); //注意：一定要先执行数据库关闭，这是关键
$this->connect();
}
}
我需要调用这个函数的代码可能是这样子的：
$str = file_get_contents(‘http://www.baidu.com’);
$db->ping();//经过前面的网页抓取后，或者会导致数据库连接关闭,检查并重新连接
$db->query(‘select * from table’);
ping()这个函数先检测数据连接是否正常，如果被关闭，整个把当前脚本的MYSQL实例关闭，再重新连接。
经 过这样处理后，可以非常有效的解决MySQL server has gone away这样的问题，而且不会对系统造成额外的开销。
3)、第三种方法：
执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理
解决方案：
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小)
max_allowed_packet参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。
或者命令行修改——编辑my.cnf来修改（windows下my.ini）,在[mysqld]段或者mysql的server配置段进行修改。
进入mysql server，在mysql 命令行中运行
set global max_allowed_packet = 2*1024*1024*10
然后关闭掉这此mysql server链接，再进入。
show VARIABLES like ‘%max_allowed_packet%’;
查看下max_allowed_packet是否编辑成功