Postgres安装及MIMIC IV数据库的载入(Windows 10)

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Postgres安装及MIMIC IV数据库的载入(Windows 10)

上PostgreSQL官网,选个合适自己电脑的版本,下载,安装,没什么问题;

注意:中间会要求设置密码,记住自己的密码!

接下来是载入MIMIC IV数据库



0. 准备工作



0.1 在载入之前,先搬运一下Postgres的data文件;

默认位置是 C:/Program Files/PostgreSQL/13/data

但是为了以后使用的考虑,还是把它搬到一个容量比较充足的地方比较好;

我搬运到了我的移动硬盘上:H:/Postgres/data

!!!注意,开搬之前先把postgres的服务都停了

搬运完后,改一下注册表中的路径:

开始 > 右键 > 运行 > 输入 regedit > 确定 > 打开\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\postgresql-x64-13

选择ImagePath,将-D后引号内改成自己的目标路径(如图)

修改注册表



0.2 数据的准备

因为MIMICIV的文件太大,解压缩后读取常会出错,所以建议不要解压缩。

从MIMIC官网下载后,解压大的文件包,但不要进一步解压csv文件;

从 http://www.7-zip.org 下载并安装7-Zip;

默认安装路径是C:/Program Files/7-Zip

将该路径写入环境变量:此电脑 > 右键 > 属性 > 高级系统设置 > 环境变量 > 双击 path > 新建 > 将 C:\Program Files\7-Zip 添加到路径中 (具体用 \ 还是 /我也记不清,见机行事吧)

打开一个cmd窗口,输入7z,返回一堆属性(如下图)的时候,就说明安装成功了。

成功安装7z



1. 创建DATABASE并连接

打开一个 SQL shell (安装postgreSQL时一起安装的),连续按回车键,直到输入密码(如下图);

在这里插入图片描述

--DROP DATABASE IF EXISTS mimic; (之前有创建过的话,先运行这句)
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
\c mimic;



2. 创建SCHEMA

CREATE SCHEMA mimiciv;
set search_path to mimiciv;



3. 创建TABLE

MIMIC IV提供了相应的代码,保存在Github上:


https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv-code


(这个网站经常打不开,多试几次)

接下来利用从Github上扒下来的代码创建TABLE

我的保存位置:E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/load.sql

\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql



4. 载入数据

从mimiciv官网上下载的原始数据,初步解压后,得到一堆压缩包,我的数据保存在H:/Postgres/MIMICIV

\set ON_ERROR_STOP 1
\set mimic_data_dir 'H:/Postgres/MIMICIV' --这是原始数据保存的位置 
\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

要等好一会,官方说是4-6小时,不过我的笔记本就跑了一个小时左右,嘿嘿~



5. 添加索引

\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql



6. 收工

可以打开pgAdmin (和postgres捆绑在一起下载安装的),欣赏一下数据库;

pgAdmin的窗口做得很好看,也很好上手,Bilibili.com上有比较好的新手学习教程。

参考:

https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-windows/



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