gggenes是一款基于ggplot2开发的R包,可以很方便的画出下图所示的基因结构图。
1.安装R包直接从CRAN官方源来安装:
install.packages(“gggenes”)
或者从github下载安装:
devtools::install_github(“wilkox/gggenes”)
2. 准备输入数据
官方给的例子如下:
> head(example_genes)
molecule gene start end strand direction
1 Genome5 genA 405113 407035 forward 1
2 Genome5 genB 407035 407916 forward 1
3 Genome5 genC 407927 408394 forward 1
4 Genome5 genD 408387 408737 reverse -1
5 Genome5 genE 408751 409830 forward 1
6 Genome5 genF 409836 410315 forward 1
输入数据应该包含6列,分别代表:物种名 基因名 起始位置 结束位置 基因方向 基因方向
如果不需要考虑画出基因方向的话,只需要前4列数据就行:物种名,基因名,起始位置,结束位置
如果加上基因方向,就需要加上 strand 这一列,正负链分用“forward”和“reverse”表示。示例数据中的 direction 这一列是多余的,并不会被用到。