前言
Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving.
Rosalind 是一个通过解决实际生物学问题来学习生物信息和练习编程的平台，类似于 IT 行业的力扣（LeetCode）。工作学习之余，咱们也来刷一波吧。
说明
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Python 是我推荐做生信必学的一门脚本语言，因此所有算法都用 Python 实现。
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Rosalind 刷题需要有一定的 Python 编程基础。
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最好在 Linux 系统下进行编写和测试 Python 脚本。
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鉴于 Python 的哲学是：处理一件事最好的方法只有一种。因此我在解完题后，会参考别人已有的答案，如果解决方式更好，便会采用，同时会注明出处。这样做的目的是力求为读者呈现最佳的解题思路，不会为了原创而原创。
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英文原问题会附在文章后面。
问题描述
字符串是 Python 中的一种基本数据类型，一个字符串由一组有序的字符组成。由于 DNA 的四种碱基通常用 A、T、C、G 四个字母表示，因此一段 DNA 序列可以通过一个字符串表示，如：ATGCTTCAGAAAGGTCTTACG
给定：
一条长度至多 1000bp 的 DNA 字符序列。
应得：
4 个以空格隔开的整数，分别表示 4 种碱基（A, C, G, T）在字符串中出现的次数。
示例数据
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
示例结果
20 12 17 21
Python 实现
Counting_DNA_Nucleotides.py
from collections import defaultdict;
def count_dna_nucleotides(dna):
d = defaultdict(int)
for c in dna.upper():
d[c] += 1
return "%d %d %d %d" % (d['A'], d['C'], d['G'], d['T'])
def test():
dna = 'AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'
ret = count_dna_nucleotides(dna)
return ret == "20 12 17 21"
if __name__ == '__main__':
if not test():
print("count_dna_nucleotides: Failed")
with open('rosalind_dna.txt') as fh:
dna = fh.read()
ret = count_dna_nucleotides(dna)
print(ret)
说明：
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用一个字典保存四种碱基的计数
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用 defaultdict 而不是普通的 dict，defaultdict 的好处是任意键都已经默认初始化了一个值，可以直接使用
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一个小技巧是构造一个测试函数 test()，先用示例数据测试通过后再用从 Rosalind 下载的数据集进行计算答案，确保一次通过
怎么样，很简单吧，趁车速还不快，赶快上车吧。
Problem
A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number of symbols that it contains.
An example of a length 21 DNA string (whose alphabet contains the symbols ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘T’) is “ATGCTTCAGAAAGGTCTTACG.”
Given:
A DNA string of length at most 1000 nt.
Return:
Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘T’ occur in .
Sample Dataset
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
Sample Output
20 12 17 21
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