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• run java application 是运行 java main方法
• run on server是启动一个web应用服务器

两者的区别：

• Eclipse中可以创建
  
  java project
  
  也可以创建
  
  java web poject
  
  
  
  java project
  
  是可以直接在命令行运行 或者直接在Eclipse中运行 此时运行是jvm直接调用了main方法

• Eclipse中创建的
  
  java web
  
  程序 需要使用web应用服务器来启动 例如tomcat 服务器等 这是javaee项目 没有main方法 main方法已经写在了web应用服务器中

也可以这么理解——

• java application是运行一个java 程序
• run on server是用来运行一个java web程序